library(tidyverse)
library(targets)
library(kableExtra)

1 Leaf disc vs whole-leaf LMA (species-level)

1.1 Pooled

1.2 Seprated

2 SMA table

2.1 species

tar_load(sma_sp_tab)
sma_sp_tab |>
  kable() |>
  kable_styling()
Data Slope Intercept R2
All 0.97 [0.94, 1.01] 0.09 [0.02, 0.16] 0.87
Thick~Large 0.93 [0.85, 1.03] 0.19 [0.01, 0.37] 0.86
Thick~Small 1.02 [0.97, 1.07] 0 [-0.11, 0.11] 0.93
Thin~Large 0.91 [0.82, 1.02] 0.2 [0.02, 0.37] 0.71
Thin~Small 0.93 [0.83, 1.03] 0.16 [-0.02, 0.35] 0.84

2.2 tree

tar_load(sma_tree_tab)
sma_tree_tab |>
  kable() |>
  kable_styling()
Data Slope Intercept R2
All 0.96 [0.94, 0.99] 0.11 [0.06, 0.16] 0.72
Thick~Large 0.97 [0.9, 1.04] 0.12 [-0.03, 0.26] 0.61
Thick~Small 0.94 [0.9, 0.98] 0.16 [0.07, 0.24] 0.79
Thin~Large 0.91 [0.84, 0.97] 0.21 [0.09, 0.32] 0.45
Thin~Small 0.91 [0.85, 0.98] 0.19 [0.07, 0.31] 0.66

3 Leaf disc vs whole-leaf LMA (individual-level)

4 Divergence (species-level)

5 LMA and LD (species-level)

6 CV

7 Leaf support cost (species-level)

8 Computing Environment

devtools::session_info()
#> ─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────────
#>  setting  value
#>  version  R version 4.1.2 (2021-11-01)
#>  os       Ubuntu 20.04.3 LTS
#>  system   x86_64, linux-gnu
#>  ui       X11
#>  language (EN)
#>  collate  en_US.UTF-8
#>  ctype    en_US.UTF-8
#>  tz       Etc/UTC
#>  date     2022-04-12
#>  pandoc   2.14.0.3 @ /usr/local/bin/ (via rmarkdown)
#> 
#> ─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────
#>  package        * version    date (UTC) lib source
#>  abind            1.4-5      2016-07-21 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  assertthat       0.2.1      2019-03-21 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  backports        1.4.1      2021-12-13 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  base64url        1.4        2018-05-14 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  brio             1.1.3      2021-11-30 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  broom            0.7.12     2022-01-28 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  bslib            0.3.1      2021-10-06 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  cachem           1.0.6      2021-08-19 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  callr            3.7.0      2021-04-20 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  car              3.0-12     2021-11-06 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  carData          3.0-5      2022-01-06 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  cellranger       1.1.0      2016-07-27 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  checkmate        2.0.0      2020-02-06 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  cli              3.2.0      2022-02-14 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  clustermq        0.8.95.3   2022-01-26 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  cmdstanr       * 0.4.0.9001 2022-02-15 [1] Github (stan-dev/cmdstanr@fb9e953)
#>  codetools        0.2-18     2020-11-04 [2] CRAN (R 4.1.2)
#>  colorspace       2.0-3      2022-02-21 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  crayon           1.5.1      2022-03-26 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  data.table       1.14.2     2021-09-27 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  DBI              1.1.2      2021-12-20 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  dbplyr           2.1.1      2021-04-06 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  desc             1.4.1      2022-03-06 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  devtools         2.4.3      2021-11-30 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  digest           0.6.29     2021-12-01 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  distributional   0.3.0      2022-01-05 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  dplyr          * 1.0.8      2022-02-08 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  ellipsis         0.3.2      2021-04-29 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  evaluate         0.15       2022-02-18 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  extrafont      * 0.17       2014-12-08 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  extrafontdb      1.0        2012-06-11 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  fansi            1.0.3      2022-03-24 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  farver           2.1.0      2021-02-28 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  fastmap          1.1.0      2021-01-25 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  forcats        * 0.5.1      2021-01-27 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  fs               1.5.2      2021-12-08 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  fst              0.9.8      2022-02-08 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  fstcore          0.9.8      2022-02-04 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  generics         0.1.2      2022-01-31 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  ggplot2        * 3.3.5      2021-06-25 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  ggpubr         * 0.4.0.999  2022-04-08 [1] Github (mattocci27/ggpubr@901fdeb)
#>  ggsignif         0.6.3      2021-09-09 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  ggsma          * 0.1.0      2022-04-08 [1] Github (mattocci27/ggsma@2b56c57)
#>  glue             1.6.2      2022-02-24 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  gtable           0.3.0      2019-03-25 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  haven            2.4.3      2021-08-04 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  highr            0.9        2021-04-16 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  hms              1.1.1      2021-09-26 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  htmltools        0.5.2      2021-08-25 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  httr             1.4.2      2020-07-20 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  igraph           1.2.11     2022-01-04 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  janitor        * 2.1.0      2021-01-05 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  jquerylib        0.1.4      2021-04-26 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  jsonlite         1.8.0      2022-02-22 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  kableExtra     * 1.3.4      2021-02-20 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  knitr          * 1.38       2022-03-25 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  lifecycle        1.0.1      2021-09-24 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  lubridate        1.8.0      2021-10-07 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  magrittr         2.0.3      2022-03-30 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  memoise          2.0.1      2021-11-26 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  modelr           0.1.8      2020-05-19 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  munsell          0.5.0      2018-06-12 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  patchwork      * 1.1.1      2020-12-17 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  pillar           1.7.0      2022-02-01 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  pkgbuild         1.3.1      2021-12-20 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  pkgconfig        2.0.3      2019-09-22 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  pkgload          1.2.4      2021-11-30 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  posterior        1.2.0      2022-01-05 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  prettyunits      1.1.1      2020-01-24 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  processx         3.5.3      2022-03-25 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  ps               1.6.0      2021-02-28 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  purrr          * 0.3.4      2020-04-17 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  qs               0.25.2     2021-12-07 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  R6               2.5.1      2021-08-19 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  RApiSerialize    0.1.0      2014-04-19 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  Rcpp             1.0.8.3    2022-03-17 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  RcppParallel     5.1.5      2022-01-05 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  readr          * 2.1.1      2021-11-30 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  readxl           1.3.1      2019-03-13 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  remotes          2.4.2      2021-11-30 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  reprex           2.0.1      2021-08-05 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  rlang            1.0.2      2022-03-04 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  rmarkdown        2.11       2021-09-14 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  rprojroot        2.0.3      2022-04-02 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  rstatix          0.7.0      2021-02-13 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  rstudioapi       0.13       2020-11-12 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  Rttf2pt1         1.3.8      2020-01-10 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  rvest            1.0.2      2021-10-16 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  sass             0.4.0      2021-05-12 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  scales           1.1.1      2020-05-11 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  sessioninfo      1.2.2      2021-12-06 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  smatr          * 3.4-8      2018-03-18 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  snakecase        0.11.0     2019-05-25 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  stantargets    * 0.0.3.9001 2022-02-15 [1] Github (ropensci/stantargets@d03b100)
#>  stringfish       0.15.5     2021-12-01 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  stringi          1.7.6      2021-11-29 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  stringr        * 1.4.0      2019-02-10 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  svglite          2.0.0      2021-02-20 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  systemfonts      1.0.3      2021-10-13 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  tarchetypes    * 0.4.1      2022-01-07 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  targets        * 0.11.0     2022-03-19 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  tensorA          0.36.2     2020-11-19 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  testthat         3.1.3      2022-03-29 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  tibble         * 3.1.6      2021-11-07 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  tidyr          * 1.2.0      2022-02-01 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  tidyselect       1.1.2      2022-02-21 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  tidyverse      * 1.3.1      2021-04-15 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  tzdb             0.2.0      2021-10-27 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  usethis          2.1.5      2021-12-09 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  utf8             1.2.2      2021-07-24 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  vctrs            0.4.0      2022-03-30 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  viridisLite      0.4.0      2021-04-13 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  webshot          0.5.2      2019-11-22 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  withr            2.5.0      2022-03-03 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  xfun             0.30       2022-03-02 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  xml2             1.3.3      2021-11-30 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>  yaml             2.3.5      2022-02-21 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> 
#>  [1] /usr/local/lib/R/site-library
#>  [2] /usr/local/lib/R/library
#>  [3] /home/mattocci/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1
#> 
#> ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
tar_visnetwork()
#> ── Attaching packages ─────────────────────────────────────── tidyverse 1.3.1 ──
#> ✔ ggplot2 3.3.5     ✔ purrr   0.3.4
#> ✔ tibble  3.1.6     ✔ dplyr   1.0.8
#> ✔ tidyr   1.2.0     ✔ stringr 1.4.0
#> ✔ readr   2.1.1     ✔ forcats 0.5.1
#> ── Conflicts ────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
#> ✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
#> ✖ dplyr::lag()    masks stats::lag()
#> This is cmdstanr version 0.4.0.9001
#> - CmdStanR documentation and vignettes: mc-stan.org/cmdstanr
#> - CmdStan path: /opt/cmdstan/cmdstan-2.29.0
#> - CmdStan version: 2.29.0
#> 
#> A newer version of CmdStan is available. See ?install_cmdstan() to install it.
#> To disable this check set option or environment variable CMDSTANR_NO_VER_CHECK=TRUE.
#> CmdStan path set to: /opt/cmdstan/cmdstan-2.29.0