library(tidyverse)
library(targets)
library(kableExtra)
Leaf disc vs whole-leaf LMA (species-level)
Pooled
Seprated
SMA table
species
tar_load(sma_sp_tab)
sma_sp_tab |>
kable() |>
kable_styling()
|
Data
|
Slope
|
Intercept
|
R2
|
|
All
|
0.97 [0.94, 1.01]
|
0.09 [0.02, 0.16]
|
0.87
|
|
Thick~Large
|
0.93 [0.85, 1.03]
|
0.19 [0.01, 0.37]
|
0.86
|
|
Thick~Small
|
1.02 [0.97, 1.07]
|
0 [-0.11, 0.11]
|
0.93
|
|
Thin~Large
|
0.91 [0.82, 1.02]
|
0.2 [0.02, 0.37]
|
0.71
|
|
Thin~Small
|
0.93 [0.83, 1.03]
|
0.16 [-0.02, 0.35]
|
0.84
|
tree
tar_load(sma_tree_tab)
sma_tree_tab |>
kable() |>
kable_styling()
|
Data
|
Slope
|
Intercept
|
R2
|
|
All
|
0.96 [0.94, 0.99]
|
0.11 [0.06, 0.16]
|
0.72
|
|
Thick~Large
|
0.97 [0.9, 1.04]
|
0.12 [-0.03, 0.26]
|
0.61
|
|
Thick~Small
|
0.94 [0.9, 0.98]
|
0.16 [0.07, 0.24]
|
0.79
|
|
Thin~Large
|
0.91 [0.84, 0.97]
|
0.21 [0.09, 0.32]
|
0.45
|
|
Thin~Small
|
0.91 [0.85, 0.98]
|
0.19 [0.07, 0.31]
|
0.66
|
Leaf disc vs whole-leaf LMA (individual-level)
Divergence (species-level)
LMA and LD (species-level)
CV
Leaf support cost (species-level)
Computing Environment
devtools::session_info()
#> ─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────────
#> setting value
#> version R version 4.1.2 (2021-11-01)
#> os Ubuntu 20.04.3 LTS
#> system x86_64, linux-gnu
#> ui X11
#> language (EN)
#> collate en_US.UTF-8
#> ctype en_US.UTF-8
#> tz Etc/UTC
#> date 2022-04-12
#> pandoc 2.14.0.3 @ /usr/local/bin/ (via rmarkdown)
#>
#> ─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────
#> package * version date (UTC) lib source
#> abind 1.4-5 2016-07-21 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> assertthat 0.2.1 2019-03-21 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> backports 1.4.1 2021-12-13 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> base64url 1.4 2018-05-14 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> brio 1.1.3 2021-11-30 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> broom 0.7.12 2022-01-28 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> bslib 0.3.1 2021-10-06 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> cachem 1.0.6 2021-08-19 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> callr 3.7.0 2021-04-20 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> car 3.0-12 2021-11-06 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> carData 3.0-5 2022-01-06 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> cellranger 1.1.0 2016-07-27 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> checkmate 2.0.0 2020-02-06 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> cli 3.2.0 2022-02-14 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> clustermq 0.8.95.3 2022-01-26 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> cmdstanr * 0.4.0.9001 2022-02-15 [1] Github (stan-dev/cmdstanr@fb9e953)
#> codetools 0.2-18 2020-11-04 [2] CRAN (R 4.1.2)
#> colorspace 2.0-3 2022-02-21 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> crayon 1.5.1 2022-03-26 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> data.table 1.14.2 2021-09-27 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> DBI 1.1.2 2021-12-20 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> dbplyr 2.1.1 2021-04-06 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> desc 1.4.1 2022-03-06 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> devtools 2.4.3 2021-11-30 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> digest 0.6.29 2021-12-01 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> distributional 0.3.0 2022-01-05 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> dplyr * 1.0.8 2022-02-08 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> ellipsis 0.3.2 2021-04-29 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> evaluate 0.15 2022-02-18 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> extrafont * 0.17 2014-12-08 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> extrafontdb 1.0 2012-06-11 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> fansi 1.0.3 2022-03-24 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> farver 2.1.0 2021-02-28 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> fastmap 1.1.0 2021-01-25 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> forcats * 0.5.1 2021-01-27 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> fs 1.5.2 2021-12-08 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> fst 0.9.8 2022-02-08 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> fstcore 0.9.8 2022-02-04 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> generics 0.1.2 2022-01-31 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> ggplot2 * 3.3.5 2021-06-25 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> ggpubr * 0.4.0.999 2022-04-08 [1] Github (mattocci27/ggpubr@901fdeb)
#> ggsignif 0.6.3 2021-09-09 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> ggsma * 0.1.0 2022-04-08 [1] Github (mattocci27/ggsma@2b56c57)
#> glue 1.6.2 2022-02-24 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> gtable 0.3.0 2019-03-25 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> haven 2.4.3 2021-08-04 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> highr 0.9 2021-04-16 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> hms 1.1.1 2021-09-26 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> htmltools 0.5.2 2021-08-25 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> httr 1.4.2 2020-07-20 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> igraph 1.2.11 2022-01-04 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> janitor * 2.1.0 2021-01-05 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> jquerylib 0.1.4 2021-04-26 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> jsonlite 1.8.0 2022-02-22 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> kableExtra * 1.3.4 2021-02-20 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> knitr * 1.38 2022-03-25 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> lifecycle 1.0.1 2021-09-24 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> lubridate 1.8.0 2021-10-07 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> magrittr 2.0.3 2022-03-30 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> memoise 2.0.1 2021-11-26 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> modelr 0.1.8 2020-05-19 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> munsell 0.5.0 2018-06-12 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> patchwork * 1.1.1 2020-12-17 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> pillar 1.7.0 2022-02-01 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> pkgbuild 1.3.1 2021-12-20 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> pkgconfig 2.0.3 2019-09-22 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> pkgload 1.2.4 2021-11-30 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> posterior 1.2.0 2022-01-05 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> prettyunits 1.1.1 2020-01-24 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> processx 3.5.3 2022-03-25 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> ps 1.6.0 2021-02-28 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> purrr * 0.3.4 2020-04-17 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> qs 0.25.2 2021-12-07 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> R6 2.5.1 2021-08-19 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> RApiSerialize 0.1.0 2014-04-19 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> Rcpp 1.0.8.3 2022-03-17 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> RcppParallel 5.1.5 2022-01-05 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> readr * 2.1.1 2021-11-30 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> readxl 1.3.1 2019-03-13 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> remotes 2.4.2 2021-11-30 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> reprex 2.0.1 2021-08-05 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> rlang 1.0.2 2022-03-04 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> rmarkdown 2.11 2021-09-14 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> rprojroot 2.0.3 2022-04-02 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> rstatix 0.7.0 2021-02-13 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> rstudioapi 0.13 2020-11-12 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> Rttf2pt1 1.3.8 2020-01-10 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> rvest 1.0.2 2021-10-16 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> sass 0.4.0 2021-05-12 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> scales 1.1.1 2020-05-11 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> sessioninfo 1.2.2 2021-12-06 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> smatr * 3.4-8 2018-03-18 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> snakecase 0.11.0 2019-05-25 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> stantargets * 0.0.3.9001 2022-02-15 [1] Github (ropensci/stantargets@d03b100)
#> stringfish 0.15.5 2021-12-01 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> stringi 1.7.6 2021-11-29 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> stringr * 1.4.0 2019-02-10 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> svglite 2.0.0 2021-02-20 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> systemfonts 1.0.3 2021-10-13 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> tarchetypes * 0.4.1 2022-01-07 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> targets * 0.11.0 2022-03-19 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> tensorA 0.36.2 2020-11-19 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> testthat 3.1.3 2022-03-29 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> tibble * 3.1.6 2021-11-07 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> tidyr * 1.2.0 2022-02-01 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> tidyselect 1.1.2 2022-02-21 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> tidyverse * 1.3.1 2021-04-15 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> tzdb 0.2.0 2021-10-27 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> usethis 2.1.5 2021-12-09 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> utf8 1.2.2 2021-07-24 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> vctrs 0.4.0 2022-03-30 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> viridisLite 0.4.0 2021-04-13 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> webshot 0.5.2 2019-11-22 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> withr 2.5.0 2022-03-03 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> xfun 0.30 2022-03-02 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> xml2 1.3.3 2021-11-30 [1] RSPM (R 4.1.0)
#> yaml 2.3.5 2022-02-21 [1] RSPM (R 4.1.0)
#>
#> [1] /usr/local/lib/R/site-library
#> [2] /usr/local/lib/R/library
#> [3] /home/mattocci/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1
#>
#> ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
tar_visnetwork()
#> ── Attaching packages ─────────────────────────────────────── tidyverse 1.3.1 ──
#> ✔ ggplot2 3.3.5 ✔ purrr 0.3.4
#> ✔ tibble 3.1.6 ✔ dplyr 1.0.8
#> ✔ tidyr 1.2.0 ✔ stringr 1.4.0
#> ✔ readr 2.1.1 ✔ forcats 0.5.1
#> ── Conflicts ────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
#> ✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
#> ✖ dplyr::lag() masks stats::lag()
#> This is cmdstanr version 0.4.0.9001
#> - CmdStanR documentation and vignettes: mc-stan.org/cmdstanr
#> - CmdStan path: /opt/cmdstan/cmdstan-2.29.0
#> - CmdStan version: 2.29.0
#>
#> A newer version of CmdStan is available. See ?install_cmdstan() to install it.
#> To disable this check set option or environment variable CMDSTANR_NO_VER_CHECK=TRUE.
#> CmdStan path set to: /opt/cmdstan/cmdstan-2.29.0